Płatności bezpośrednie zostały wprowadzone w 1992 r. w ramach reformy Wspólnej Polityki Rolnej Mac Sharry’ego, które w wyniku kolejnych reform WPR stały się głównym instrumentem wsparcia rolnictwa. Celem płatności bezpośrednich było rekompensowanie rolnikom spadku ich dochodów spowodowanego znaczną obniżką cen gwarantowanych i stąd ich początkowa nazwa „płatności kompensacyjne”.
Reforma WPR, Agenda 2000 dokonała dalszej redukcji cen gwarantowanych/interwencyjnych w zamian za zwiększenie płatności bezpośrednich. Reformy z lat 1992 i 2000 odniosły duży sukces, przyczyniając się do poprawy równowagi rynkowej oraz stabilizacji dochodów rolniczych.
Postanowienia reformy WPR z 2003 roku z Luksemburga wyszły daleko poza dotychczasowe rozwiązania. W wyniku osiągniętego kompromisu wprowadzono system płatności oddzielony od wielkości produkcji (decoupled), który zastąpił większość dotychczasowych płatności bezpośrednich. Reforma ta wprowadziła również zasadę wzajemnej zgodności (cross-compliance), uzależniając wypłacanie rolnikom płatności w pełnej wysokości od utrzymywania gruntów wchodzących w skład gospodarstwa w Dobrej Kulturze Rolnej zgodniej z ochroną środowiska oraz przestrzegania wymogów wzajemnej zgodności wymogów z zakresu środowiska, identyfikacji i rejestracji zwierząt (obszar A), zdrowia publicznego, zdrowia zwierząt i roślin (obszar B) oraz dobrostanu zwierząt (obszar C).
Zgodnie z reformą Wspólnej Polityki Rolnej uchwaloną w czerwcu 2003 roku, płatności bezpośrednie w Unii Europejskiej są oddzielone od produkcji rolnej, ponieważ ich nadrzędnym celem jest wsparcie dochodów rolniczych, a nie powodowanie zachęt do zwiększania produkcji. Dzięki temu rolnicy dostosowują swoją produkcję do faktycznego zapotrzebowania rynku i swoich przewag konkurencyjnych, a nie kierują się wysokością płatności bezpośrednich. Wypłata wsparcia nie jest zatem powiązana z obowiązkiem prowadzenia określonej produkcji rolnej, a jej wysokość została określona na podstawie danych historycznych z okresu referencyjnego. W państwach UE – 15 jako okres historyczny przyjęto lata 2000 – 2002. W praktyce oznacza to, że rolnicy we Wspólnocie otrzymują określoną kwotę płatności w przeliczeniu na gospodarstwo lub hektar użytków rolnych, niezależnie od tego, co uprawiają lub produkują w roku bieżącym.
Kontynuacją tej reformy, była reforma WPR w roku 2004 w sektorach tytoniu, chmielu, bawełny i oliwy z oliwek, w roku 2005 w sektorze cukru, a w roku 2007 na rynku owoców i warzyw. Głównym celem przyjętych zmian było ujednolicenie form wsparcia w kierunku wsparcia niezwiązanego z wielkością produkcji. Kontynuacją reformy z Luksemburga jest również porozumienie polityczne osiągnięte w listopadzie 2008 r. (ang. Health Check). W ramach osiągniętego porozumienia przyjęto działania zmierzające w kierunku oddzielenia wszystkich form wsparcia bezpośredniego od produkcji do 2012 roku.
W wyniku kolejnych reform WPR płatności bezpośrednie stały się ważnym instrumentem tej polityki odpowiedzialnym za: wsparcie i stabilizację dochodów rolniczych, utrzymanie użytków rolnych w dobrej kulturze rolnej, zgodnej z wymogami środowiska, rekompensowanie kosztów związanych z wypełnianiem wymogów wspólnotowych (w odniesieniu do jakości i sposobów produkcji) związanych z realizacją pozaprodukcyjnych dóbr publicznych, zapewnienie równych warunków konkurencji w ramach jednolitego rynku rolno-żywnościowego, a także instrumentem pomocnym w celu realizacji nowych wyzwań, związanych z ochroną zasobów naturalnych, zmianami klimatycznymi, gospodarką wodną, różnorodnością biologiczną oraz energią odnawialną.
Generalnie w UE funkcjonują dwa modele płatności: system płatności jednolitej (z ang. SPS - Single Payment Scheme) oraz system jednolitej płatności obszarowej (z ang. SAPS - Single Area Payment Scheme) w ramach których możliwe jest uzyskiwanie rozmaitego wsparcia, co przedstawia Rysunek 1
Rys. 1. Modele płatności bezpośrednich obowiązujące w UE oraz możliwe do uzyskania wsparcie
.
System płatności jednolitej (SPS) stosowany jest w krajach UE-15 oraz przez dwa nowe państwa członkowskie (Malta i Słowenia). W systemie SPS funkcjonują trzy modele płatności: historyczny, regionalny i mieszany (hybrydowy).
Płatności są przyznawane rolnikowi na podstawie posiadanych przez niego uprawnień. Posiadane przez rolnika uprawnienia muszą być aktywowane poprzez przypisanie ich do ziemi.
W modelu historycznym (A) (na gospodarstwo) uprawnienia te ustalane są w oparciu o płatności otrzymywane przez rolnika w okresie referencyjnym z lat 2000-2002, co oznacza, iż kwota płatności bezpośrednich odpowiada średniej kwocie płatności otrzymywanych w wymienionym okresie i jest wypłacana na ha w gospodarstwie. Wysokości stawek płatności różnią się między gospodarstwami w zależności od historycznej struktury produkcji w gospodarstwach. Ten model płatności jest stosowany m. in. przez Austrię, Belgię, Francję, Grecję, Hiszpanię, Holandię, Irlandię, Portugalię, Wielką Brytanię (Szkocja, Walia) i Włochy.
W modelu regionalnym (B) uprawnienia te ustalane są w oparciu o płatności otrzymywane przez wszystkich rolników w okresie referencyjnym z lat 2000-2002. Następnie tak ustaloną regionalną kopertę finansową dzieli się pomiędzy całkowitą powierzchnię uprawnioną do płatności w regionie, co daje w efekcie jednolitą (jednakową) stawkę na hektar w danym regionie/kraju. Model ten stosowany jest przez Maltę i Słowenię.
Państwa członkowskie mogą się również zdecydować na stosowanie modelu mieszanego (hybrydowego (A+B)) stanowiącego połączenie dwóch powyższych modeli płatności. W modelu mieszanym (hybrydowym) część płatności otrzymywanych przez rolnika stanowią płatności wypłacane na podstawie historycznej w postaci płatności na gospodarstwo, a pozostałą część płatności wypłacane na bazie regionalnej w postaci jednolitej stawki regionalnej, przy czym model mieszany (hybrydowy) może być statyczny (niezmienny) bądź dynamiczny (zmierzający do stawki jednolitej). Model hybrydowy statyczny jest stosowany przez Luksemburg, Szwecję oraz Wielką Brytanię (Irlandia Północna,) natomiast model hybrydowy dynamiczny stosowany jest przez Danię, Finlandię, Niemcy oraz Wielką Brytanię (Anglia).
System jednolitej płatności obszarowej (SAPS) jest uproszczoną formą systemu płatności bezpośrednich, stosowanym wyłącznie w nowych państwach członkowskich. Płatności w ramach tego systemu wypłacane są na hektar użytków rolnych utrzymywanych w Dobrej Kulturze Rolnej na dzień 30 czerwca 2003 r. i mogą być uzupełniane z budżetu krajowego (do 2012 r.) poprzez krajowe uzupełniające płatności bezpośrednie w wysokości do 30% płatności stosowanych w krajach UE-15 na dzień 30 kwietnia 2004 r. (do poziomu płatności w krajach UE-15).
Stawkę jednolitej płatności obszarowej (SAPS) wypłacanej na hektar oblicza się poprzez podzielenie rocznej krajowej koperty finansowej (obliczonej na podstawie historycznej wielkości produkcji z lat 1989-1991 lub w przypadku plonu referencyjnego dla zbóż z lat 1986-1991) określonej dla każdego państwa przez powierzchnię referencyjną, stanowiącą powierzchnię użytków rolnych danego państwa (w Polsce 14 137 000 ha).
Nowe państwa członkowskie mają również możliwość stosowania płatności oddzielonych od produkcji (płatność cukrowa, płatność do pomidorów) przysługujących rolnikom, którzy dostarczyli w wybranym okresie historycznym (w roku gospodarczym 2006/2007) buraki cukrowe bądź pomidory do przetworzenia.
Państwa stosujące system SAPS mają również możliwość przyznawania do końca 2011 roku wsparcia plantatorom owoców miękkich (malin lub truskawek) pod postacią przejściowej płatności do owoców miękkich.
Otrzymywanie płatności bezpośrednich przez rolników w pełnej wysokości, zarówno w ramach systemu SPS jak i SAPS, zostało uzależnione od utrzymywania gruntów wchodzących w skład gospodarstwa w Dobrej Kulturze Rolnej zgodnie z ochroną środowiska (GAEC) oraz spełnianie wymogów z zakresu środowiska, identyfikacji i rejestracji zwierząt (obszar A), zdrowia publicznego, zdrowia zwierząt i roślin (obszar B) oraz dobrostanu zwierząt (obszar C).
Powyższe normy i wymogi składają się na jeden mechanizm zwany zasadą wzajemnej zgodności.
W państwach UE-15 system kontroli przestrzegania wymogów wzajemnej zgodności był wdrażany stopniowo w latach 2005-2007.
W państwach członkowskich, które przystąpiły do Wspólnoty 1 maja 2004 r. (nowe państwa członkowskie), do końca 2008r. mechanizm ten był ograniczony do kontroli przestrzegania utrzymywania gruntów w Dobrej Kulturze Rolnej zgodnej z ochroną środowiska. Natomiast wymogi wzajemnej zgodności wdrażane są również stopniowo, od roku 2009 obowiązują wymogi z obszaru A, wymogi z obszaru B obowiązują od roku 2011, natomiast wymogi z obszaru C zostaną wdrożone w roku 2013.
Płatności w ramach stosowanego w Polsce od 2004 roku systemu jednolitej płatności obszarowej (SAPS) podlegają stopniowemu dochodzeniu do poziomu stosowanego w krajach UE-15 (tzw. zasada phasing-in). Jednocześnie, Polska podjęła decyzję o uzupełnianiu jednolitej płatności obszarowej krajowymi płatnościami uzupełniającymi (z ang. CNDP - Complementary National Direct Payments) w maksymalnie dopuszczanej przepisami wspólnotowymi wysokości, tj. do poziomu 30% płatności stosowanych w krajach UE – 15 na dzień 30 kwietnia 2004 r.
Poziom płatności bezpośrednich otrzymywanych przez polskich rolników, począwszy od roku 2004 wzrasta corocznie. W roku 2010 będzie mógł wynieść 100% poziomu wsparcia uzyskiwanego przez rolników UE-15 (70% z budżetu UE+30% krajowe płatności uzupełniające). Kształtowanie się poziomu płatności w latach 2004-2009 oraz w latach następnych przedstawia poniższy Rysunek nr 2.

Krajowe płatności uzupełniające w latach 2004 - 2009 realizowane były w następujących sektorach: upraw podstawowych (m.in. zboża, rośliny oleiste, wysokobiałkowe), chmielu, skrobi ziemniaczanej, tytoniu, roślin przeznaczonych na paszę uprawianych na trwałych użytkach zielonych (płatność zwierzęca – wypłacana od 2007 roku).
Ponadto, z budżetu unijnego wypłacana jest oddzielna płatność cukrowa (od 2006 roku), która jest efektem przeprowadzonej reformy na rynku cukru, a także od 2008 roku oddzielna płatność do pomidorów oraz płatność do uprawy owoców miękkich kierowanych do przetwórstwa, które zostały wprowadzone w wyniku przeprowadzonej w 2007 roku reformy WPR na rynku owoców i warzyw.
Najwięcej środków finansowych jest kierowanych do rolników w postaci jednolitej płatności obszarowej oraz krajowych płatności uzupełniających (przede wszystkim do grupy upraw podstawowych i do płatności zwierzęcej) oraz oddzielnej płatności z cukrowej. Udział poszczególnych płatności w całkowitym wsparciu kierowanym do rolników w 2009 roku obrazuje Rysunek nr 3.

Od roku 2010, w związku z wejściem w życie postanowień kończących przegląd Wspólnej Polityki Rolnej (ang. Health Check), w Polsce jest realizowane nowe wsparcie tzw. wsparcie specjalne, w formie: